日本国内における鶏卵・肉の安定供給に向けて、日本鶏を中心とした家禽の①有用形質の網羅的解析とその評価法の確立、②稀少遺伝資源の保存/保護、および ③有用遺伝形質を支配する遺伝子（座）の同定、を行ない、それらを利用した優良国産鶏の開発を目指す。

我が国における鶏卵•鶏肉の「真」の自給率は極めて低く、食料安定供給という点からは危機的状況にある。これは我が国が優秀な国産鶏開発を怠ってきた結果である。したがって、鶏の生体機能を網羅的に評価・解明し、その有用形質を支配する遺伝子を検出して我が国独自の優良な国産鶏を開発し確保することは食料安全保障の観点から早急に取り組むべき課題である。

本研究プロジェクトは、①家禽、特に日本鶏が有する生産性や抗病性に関する各種形質を多角的に計測・定量し、形質データを収集すること、②計測・定量を行 なった個体における、個体特有の遺伝情報を得ること、③形質データとその遺伝情報を統合して、最新手法を用いることにより、実用形質を司る有用遺伝子 （座）を網羅的に発見すること、④計測・定量の対象となった物質の代謝、機能等の詳細な解明を行ない、生産性や抗病性との関連付けを行なって、家禽の性能評価法の確立を行なうこと、⑤以上の結果をもとに先端的・革新的品種改良を行なうことから構成されている。また、本センターの研究活動では、未利用の有用な実用遺伝形質を有する稀少日本鶏の保護は勿論のこと、それらの有する遺伝資源の保存・保護を目的とする「日本鶏精子バンク」を設立する。